[PUBLICATION] 61. Wissenschaftstagung der SFPM

Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering (CMBBE)

Numerical hemodynamics simulation of 4D flow magnetic resonance imaging

M. Garreau (a,b), R. Moreno (c,d), T. Puiseux (b,d),  S.Toupin (e), D. Giese (f),S. Mendez (a), und F. Nicoud (a).

a: IMAG, Univ. Montpellier, CNRS, Montpellier, Frankreich;: b Spin Up, ALARA Group, Straßburg, Frankreich; c: ALARA Expertise, ALARA Group, Strasbourg, Frankreich; d: I2MC, INSERM/UPS UMR 1297, Toulouse, Frankreich; e: Siemens Healthcare Frankreich, Saint-Denis, Frankreich; f : Magnetic Resonance, Siemens Healthcare GmbH, Erlangen, Germany

1. Einleitung

4D Flow Magnetic Resonance Imaging (MRI) ist eine Bildgebungstechnik, die es ermöglicht, die Blutflussdynamik innerhalb eines 3D-Volumens über den Herzzyklus hinweg zu quantifizieren (Markl et al. 2003). Es hat in den letzten Jahren an Interesse gewonnen, aber seine klinische Anwendung ist aufgrund seiner langsamen räumlich-zeitlichen Auflösung und verschiedener potenzieller Fehlerquellen begrenzt: Bildartefakte, Komplexität des MRI-Erfassungsprozesses… Die numerische Simulation des MRI-Prozesses könnte ein interessanter Weg sein, um Fehler in Verbindung mit Hardwareproblemen zu untersuchen und zu dekompositionieren, die aus dem Erfassungsprozess selbst stammen. Eine weitere Modalität zur Vorhersage von Hemodynamik ist die Computational Fluid Dynamics (CFD), die mit MR-Physik gekoppelt werden kann. The present study proposes a CFD-MRI simulation framework, where Navier-Stokes and Bloch equations are solved simultaneously in an Eulerian-Lagrangian formalism (Puiseux et al. 2021). Eine Anwendung wird an einem starren Strömungsphantom vorgestellt, dessen Geometrie komplexe Strömungsmuster erzeugt, wie sie im Herz-Kreislauf-System beobachtet werden können.

2. Methoden

Abb. 1 stellt die Geometrie und den pulsatilen Zufluss dar, der aus experimentellen in-vitro 4D-Fluss-MRI-Daten stammt, die auf demselben Phantom basieren (Garreau et al. 2022). Neben den Netz- und Randbedingungen ist die MR-Pulsfolge ein weiterer Input in unsere Simulation, der dem Chronogramm des äußeren Magnetfelds entspricht. Die MR-Sequenzen, die in dieser Arbeit verwendet werden, basieren auf einer Konstruktor-Sequenz (WIP 4D Flow Siemens). The CFD tetrahedral-based mesh (2mm characteristic size) is seeded with Lagrangian particles (8/cell), which are massless tracers carrying a magnetization vector that evolves with their position and the effective magnetic field they experience. Der erste Schritt unseres Solvers besteht darin, das CFD-Velocity-Feld zu berechnen. Dieses Geschwindigkeitsfeld wird dann interpoliert auf der Position von Partikeln. Bloch-Gleichungen werden für jedes Fluidpartikel entsprechend den aktuellen magnetischen Ereignissen gelöst. Zu bestimmten Zeitpunkten, die in der Sequenz angegeben sind, wird die globale Magnetisierung berechnet und im sogenannten k-Raum gesammelt, der als 3D-Fourier-Transformation des Bildes interpretiert werden kann. Die synthetischen Bilder (SMRI) werden dann mit hausinternen Python-Skripten aus dem k-Raum rekonstruiert.

Abbildung 1 (1) Geometrie und field-of-view (FOV) MRI. (2) Inflow – Linien zeigen Zeitmomente für Abb. 2 an.

In der vorliegenden Arbeit werden zwei 4D-Fluss-MRI-Sequenzen verglichen, eine herkömmliche und eine mit Partial-Echo (PE). PE besteht darin, nur einen Bruchteil des k-Raums zu erwerben, wobei man sich auf seine symmetrischen Eigenschaften stützt. Hier werden die ersten 25% des k-Raums nicht für die 2 erworben.nd sequenz. Während Sequenzen so gestaltet werden können, dass Positions- und Geschwindigkeitscodierung gleichzeitig entlang zweier Richtungen (hier X und Y), gibt es eine unvermeidliche Zeitverzögerung zwischen der Geschwindigkeit und der räumlichen Kodierung entlang der letzten Richtung (hier Z), da das Latest während der Signalsammlung rund um die Echozeit TE auftreten muss. Diese Verzögerung, die als displacement time TD bezeichnet wird, steht bekanntermaßen in Zusammenhang mit gewöhnlichen Fehlregistrierungsartefakten(Steinman et al. 1997). Mehr als nur die Akquisitionszeit zu verkürzen, ermöglicht PE die Reduzierung von TD. In der vorliegenden Arbeit wurde die Erfassungszeit für beide Sequenzen gleich gehalten. TE wird von 4,20 auf 4,16 ms reduziert, aber TD sinkt von 1,99 auf 1,52 ms. Andere Sequenzparameter sind in beiden Simulationen gleichwertig. Die Bilder der 2nd Simulation werden nach der Zero-Filling-Methode rekonstruiert (Dyverfeldt et al. 2015).

3. Ergebnisse und Diskussion

Reconstructed velocity maps are obtained for SMRI and compared with phase-averaged CFD velocity fields, downsampled to the MRI spatial resolution (2mm isotropic). Qualitativ wird eine gute Übereinstimmung zwischen SMRI und CFD gefunden, wobei die Hauptströmungsstrukturen in allen Richtungen und für alle kardialen Phasen erhalten bleiben, wie in Abb. 2 dargestellt. Errors maps werden auf der Grundlage des Root-Mean Square Error berechnet:

where u = (ux,uy,uz) ist der Geschwindigkeitsvektor, der mit dem Voxel an der Position verbunden ist. r, und uMRI ist die in-vitro experimentell ermittelte zeitverzögerte Bulk-Velocity am Eingang, die für die Normalisierung verwendet wurde.

Abbildung 2 Velocity field and RMSE maps for the cardiac cycle instants (A) und (B) in Abb. 1.

In Abb. 2A werden Fehler unter dem Jetting-Flow nach der Verbindung zwischen dem Kollateralrohr und dem absteigenden Hauptrohr gefunden. Die assoziierte Rezirkulation könnte für die Diskrepanz verantwortlich sein. In der Beschleunigungsphase (Abb. 2B) befinden sich die Fehler vor allem im Nebenzweig. Der Vorzeichenwechsel von ux in diesem schmalen Abschnitt könnte die Fehlregistrierung der SMRI-Geschwindigkeit erklären. The RMSE averaged over the cardiac cycle was 0.28 for conventional SMRI and 0.24 for PE. Als Referenz wurde der berechnete averaged RMSE für die übereinstimmende konventionelle experimentelle MRI um 0,25 herum gefunden (Garreau et al. 2022). Thereby even though less signal is collected for the PE sequence, the shortened TD seems to improve the quality of the reconstructed SMRI velocity fields.

4. Schlussfolgerungen

Ein numerischer CFD-MRI-Solver wird vorgestellt. Die Wirkung des MR-Sequenzparameters TD im Kontext von Partialecho wird in einem Strömungsphantom mit pulsatilem Einstrom untersucht. In the present setup, to have a short TD despite less k-space data collected seems to improve the reconstructed velocity fields. Some perspectives are to impos an inflow closer to physiological conditions, to study different geometries (e.g. stenosis to investigate acceleration-induced artifacts) and to implement additional sources of artifacts such as gradient non-linearities.

Acknowledgements

Simulationen mit YALES2BIO wurden mit HPC-Ressourcen von GENCI-CINES (Grant-Nummern A0080307194 und A0100307194) und mit der Unterstützung der MESO@LR-Plattform an der Universität Montpellier durchgeführt.

Referenzen

Dyverfeldt P, Bissell M, Barker AJ, Bolger AF, Carlhäll C-J, Ebbers T, Francios CJ, Frydrychowicz A, Geiger J, Giese D, et al. 2015. 4D flow cardiovascular magnetic resonance consensus statement. J Cardiovasc Magn Reson. 17(1):72.

Garreau M, Puiseux T, Toupin S, Giese D, Mendez S, Nicoud F, Moreno R. 2022. Accelerated sequences of 4D flow MRI using GRAPPA and compressed sensing: A comparison against conventional MRI and computational fluid dynamics. Magnetic Resonance in Med:mrm.29404.

Markl M, Chan FP, Alley MT, Wedding KL, Draney MT, Elkins CJ, Parker DW, Wicker R, Taylor CA, Herfkens RJ, Pelc NJ. 2003. Time-resolved three dimensional phase-contrast MRI. J Magn Reson Imaging. 17(4):499-506.

Puiseux T, Sewonu A, Moreno R, Mendez S, Nicoud F. 2021. Numerical simulation of time-resolved 3D phase-contrast magnetic resonance imaging. Borazjani I, editor. PLoS ONE. 16(3):e0248816.

Steinman DA, Ethier CR, Rutt BK. 1997. Combined analysis of spatial and velocity displacement artifacts in phase contrast measurements of complex flows. J Magn Reson Imaging. 7(2):339- 346.

Keywords: Computational Fluid Dynamics (CFD); Hemodynamics; Magnetic Resonance Imaging (MRI)

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